工厂被征收时员工的赔偿问题，可依据相关法律法规明确解答。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二条，“为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人（以下称被征收人）给予公平补偿。”虽然该条款直接指向房屋所有权人，但工厂作为被征收人，其因征收无法继续履行与员工的劳动合同，员工合法权益同样受保障。此外，《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条明确，市、县级人民政府对被征收人补偿包含“因征收房屋造成的停产停业损失的补偿”。这部分停产停业损失补偿，间接涉及员工安置问题，员工可据此主张因工厂征收失业的经济补偿等合法权益。因此，工厂被征收时，员工有权依法获得相应赔偿。
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工厂被征收后员工的赔偿，主要涉及经济补偿金、安置补助等。以下分情况说明：
1. 若工厂因征收无法继续履行劳动合同（如关闭、搬迁至外地等），员工有权获经济补偿金。补偿标准为：按工作年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年按一年算；不满六个月支付半个月工资。月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
2. 若工厂征收后仍经营，仅变更工作地点且员工不同意变更而解除合同，工厂需支付经济补偿金；若员工同意变更，则无需额外赔偿，但需保障其合法劳动权益。
3. 若工厂征收存在违法情形致员工权益受损，员工除经济补偿金外，还可根据具体情况主张其他赔偿，如未提前通知解除合同的代通知金等。
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工厂被征收员工赔偿处理中，存在以下特殊情况：
1. 征收程序不合法：若工厂征收未依法发布公告、未合理评估等，会影响员工赔偿。此时员工可主张因工厂违法征收导致劳动合同解除，要求更高赔偿，因违法征收可能增加工厂过错，员工权益受损更严重。
2. 员工与工厂另有约定：若双方在劳动合同或协议中约定工厂征收后员工继续在新地点工作或接受其他安置，员工可能无法主张因征收产生的经济补偿金，除非工厂未按约定履行义务。
3. 员工为劳务派遣性质：劳务派遣员工与工厂无直接劳动合同关系，工厂征收后赔偿问题需与劳务派遣单位协商，其赔偿影响方式与正式员工不同。
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工厂被征收时，员工需注意以下法律风险：
1. 诉讼时效风险：员工应在知道或应当知道劳动合同因征收解除之日起一年内主张权利。例如，工厂2023年1月通知员工解除合同，员工若2024年2月才申请劳动仲裁，可能因超时效无法获支持。
2. 证据链风险：缺乏劳动合同或工资单可能导致补偿金额计算有误。如员工王某工作3年但未签书面合同，工厂以其无法证明工作年限为由仅同意支付1个月工资补偿，王某因证据不足难以争取3个月工资补偿。

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